Налоговый агент может заявить вычет НДС только в периоде, когда возникло право на него

Организация выступает налоговым агентом, например, если:

- приобрела у иностранца, не состоящего на учете в российском налоговом органе, товары, работы или услуги, местом реализации которых является Россия;

- арендовала или купила государственное и муниципальное имущество.

НК РФ не наделяет юрлиц, перечисливших НДС в качестве налогового агента, правом заявлять вычет по нему в течение трех лет.

НДС следует принимать к вычету в том налоговом периоде, в котором выполнены необходимые для вычета условия. Среди них - наличие платежных документов, которые подтверждают перечисление НДС в бюджет.

С 2015 года в НК РФ появилось правило: налоговые вычеты можно заявить в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных товаров, работ, услуг или имущественных прав. Это касается вычетов, предусмотренных п. 2 ст. 171 НК РФ.

Вычет НДС, уплаченного покупателями - налоговыми агентами, установлен другой нормой - п. 3 ст. 171 НК РФ.

В общем принимать уплаченный организацией в качестве налогового агента НДС к вычету в том периоде, в котором появилось право на него. Иначе могут возникнуть претензии у проверяющих.